La botritis es un hongo difícil de tratar y prevenir. Normalmente aparece cuando la humedad es alta, especialmente en el interior de los cogollos más gruesos y densos, donde el aire no llega y la humedad se concentra y se mantiene largo tiempo. La mejor opción para evitarlo es plantar variedades que tengan una resistencia natural a la botritis, que suelen ser aquellas variedades con cogollos menos densos, normalmente genéticas sativas. El problema es que las sativas también suelen ser de maduración más lenta, y en las regiones donde llueve bastante al final del verano y en otoño, cuanto más tarde madura la planta más fácil es que se contamine. Junto a la resistencia natural se puede ayudar a la planta a no infectarse con dos sistemas. El primero y más efectivo es evitar que se moje cuando llueve, idealmente plantando en un invernadero, pero manteniéndolo muy ventilado, pues el ambiente húmedo y quieto es especialmente propicio a la aparición de botritis. Se puede colocar un ventilador oscilante dentro del invernadero para ayudar con la ventilación, así como podar las ramas más bajas y entresacar parte de las hojas más grandes para que el aire pueda circular bien alrededor de los cogollos. Algunos cultivadores limpian completamente de hojas las partes bajas de las ramas principales con una técnica llamada lollypopping, que da a las ramas el aspecto de chupachups, un palo con un cogollo en la punta. Este sistema favorece mucho la ventilación y reduce el riesgo de aparición de botritis. En cualquier caso, ninguno de estos sistemas proporciona una garantía total frente al hongo y, en el momento que descubrimos un cogollo infectado, la mejor opción suele ser eliminar el tejido enmohecido y cosechar la planta completamente aunque aún le falte un poco de maduración, ya que es casi imposible evitar la propagación de la botritis a otros cogollos.