No tengo demasiados datos con lo que me cuentas. Por el fotoperiodo del que hablas intuyo que debes vivir en un país tropical, seguramente de Sudamérica, como Colombia, Venezuela, Panamá... Y por las referencias al frío nocturno, supongo que en una región montañosa. Si las plantas se han quedado tan pequeñas y están ya floreciendo, es porque has plantado una variedad que no está adaptada a la duración de los días de tu país, por lo que se pone a florecer enseguida; seguramente, un híbrido índica/sativa. 

Las plantas pueden ser hermafroditas por varias causas. La primera y más habitual es porque esté en su genética. Algo que no debería suceder en una semilla comercial, ya que es trabajo del criador asegurarse de que las plantas que cruza están libres de este rasgo. Sin embargo, no es infrecuente que suceda de vez en cuando, especialmente cuando se trata de semillas feminizadas. Existen otros motivos que pueden convertir en hermafrodita una planta: fotoperiodos extraños y cambiantes, estrés de cualquier tipo, algunos productos químicos, etc. En mi opinión, tus plantas ya no tienen remedio pero de cara a la siguiente cosecha tienes dos opciones. Puedes buscar semillas de alguna variedad autóctona de la región, es decir, las que se cultivan desde hace mucho tiempo. Esas variedades son sativas puras adaptadas a crecer incluso con las largas noches tropicales, y no se ponen a florecer mientras son pequeñas, por lo que no se quedarán enanas. La segunda opción es usar semillas híbridas índica/sativa pero alargar el fotoperiodo durante las primeras semanas de crecimiento manteniendo una bombilla encendida en la terraza durante media hora a mitad de la noche. Esta luz evitará que las plantas florezcan prematuramente y seguirán creciendo y desarrollándose hasta que tú decidas que ya tienen altura suficiente para florecer y dejes de encender la bombilla por la noche. Sin la luz nocturna, las plantas florecerán enseguida, y entre dos y tres meses después (según la variedad) estarán listas para la cosecha.