No es muy habitual que una semilla empiece a germinar, se abra, aparezca la radícula (la primera raíz que sale) y luego se pare. Si las semillas son demasiado viejas lo que suele pasar es que no llegan a abrirse. Es cierto que, algunas veces, puede pasar que tengan la vitalidad justa para lograr abrir la cubierta (el cascarón de la semilla) pero no tanta como para seguir creciendo, pero no es lo habitual. Si estás usando semillas comerciales compradas recientemente y el resto de ellas crece bien y solo una falla, seguramente el problema tenga que ver con otras razones. Quizás no está bien hidratada o la temperatura es excesivamente alta o baja. Mi consejo es que tomes las siguientes precauciones para asegurarte una germinación correcta. En primer lugar, sumerge las semillas en agua durante 12 h; esto facilita una hidratación completa, pero no alargues este periodo. Luego siémbralas directamente en el sustrato a un centímetro de profundidad como mucho o ponlas entre servilletas de papel humedecidas (pero no empapadas) dentro de un táper cerrado o en un plato cubierto con papel film. La idea es que estén en un ambiente húmedo y que no se resequen (por eso cerramos el táper o cubrimos el plato con film). Si las germinas entre servilletas, vigílalas frecuentemente y trasplántalas al sustrato en cuanto se abran; no esperes a que la radícula crezca mucho, ya que eso la debilita. Si germinas en el sustrato directamente, no aplastes la tierra encima de la semilla ni riegues en exceso; necesita humedad pero no le va bien un medio demasiado mojado. El proceso de germinación no requiere luz (aunque tampoco es perjudicial que las macetas estén a la luz), pero una vez las plántulas salen al exterior la luz es esencial y debe ser intensa para que crezcan fuertes y no se alarguen en exceso. Una plántula larguirucha que casi no se sostiene es un síntoma clarísimo de que le falta intensidad de luz. Deja que broten a pleno sol, no les va a pasar nada.

Tu segunda pregunta también me sorprende; he cultivado muchas cosechas de floración forzada en todos los meses de la temporada y nunca me he encontrado con semillas inesperadas. No me queda claro por tu explicación si solo encuentras semillas en las plantas o también observas la aparición de flores macho. Si hay semillas tiene que haber polen; este puede venir de las propias plantas o de otras. Si las flores macho están en tus plantas el motivo se deberá, posiblemente, al estrés que sufren por el fotoperiodo, especialmente, si no eres muy constante con las horas de noche que les das. Intenta meterlas y sacarlas siempre a la misma hora para que la duración de las noches no varíe. Hay variedades más o menos sensibles al estrés lumínico y que tienen más o menos facilidad para brotar flores macho. Intenta apuntar qué variedades lo hacen y cuáles no, y planta solo las segundas en las cosechas de los años siguientes. Si la polinización no proviene de tus plantas, piensa que la segunda cosecha que siembras en junio la recoges en agosto o septiembre, cuando hay muchas más plantas floreciendo por todos lados, ya que es la época en que el cannabis florece naturalmente. En una provincia como Guipúzcoa, donde el cultivo de cannabis está tan extendido, no sería extraño que haya polen en el aire, posiblemente proveniente de algún cultivo grande de exterior, donde no se eliminen bien todos los machos. Al fin y al cabo, si el polen de las plantas marroquíes es capaz de llegar a Andalucía atravesando el estrecho de Gibraltar, imagínate lo fácil que es que llegue hasta tu balcón desde varios kilómetros a la redonda. Si te pasa en la segunda cosecha pero no en la anterior es porque cuando florece la primera (mayo o junio, imagino) no hay plantas floreciendo naturalmente por la zona.