La poda de raíces se hace en plantas que pasan mucho tiempo en la misma maceta, normalmente bonsáis que viven décadas con el mismo tamaño. En el cannabis, el ciclo de vida es tan corto, de unos cuantos meses, que no hay ocasión de hacerlo. Hay que tener en cuenta que, tras una poda así, la planta tarda un tiempo en recuperarse. En general, si lo que se desea es mejorar el sistema de raíces, es más recomendable trasplantar la planta a una maceta mayor pero no podar raíces. Solo hay una excepción, que es el cuidado de las plantas madre. Hay madres que sí están años en la misma maceta y que el cultivador no quiere pasar a un contenedor mayor para que no ocupe más espacio. En casos así puede ser útil realizar cada año una poda de raíces acompañada de un cambio de parte del sustrato. Es un sistema que permite revivir las raíces y cambiar la tierra, pero conlleva ciertos riesgos. Las heridas de las raíces se pueden infectar y acabar pudriendo. Por otra parte, no todas las variedades responden igual a un tratamiento tan radical. Si se realiza, conviene hacerlo unos días después de cortar una tanda de esquejes, cuando la planta ya se ha recuperado del shock pero mientras todavía tiene pocas hojas y brotes, para que aguante bien los días posteriores a la poda de raíces. Conviene añadir algún aditivo estimulador del crecimiento radicular y algún producto que contenga enzimas, para facilitar la descomposición de las raíces muertas.