No es muy habitual podar raíces en el cultivo de cannabis, sobre todo, por ser una planta de crecimiento rápido que no solemos mantener viva más de seis meses. Sin embargo, hay una situación en que puede ser recomendable y conviene conocerla. En la mayoría de los casos, la poda de raíces en otras especies se lleva a cabo cuando han llenado completamente la maceta y se quiere revitalizar la planta sin trasplantarla a un contenedor mayor. Se extrae de la maceta, se recorta uno o dos tercios del pan de raíces y se vuelve a plantar llenando el espacio sobrante con tierra nueva. 

La única ocasión en que una planta de cannabis permanece largo tiempo en la misma maceta es cuando es una planta madre, que puede estar viva durante años, pues su función no es florecer y producir cogollos, sino ser una fuente permanente de esquejes. Una vez que el sustrato se agota y las raíces han llenado todo el espacio de la maceta, si no tenemos la posibilidad de trasplantar a una maceta mayor (que es lo que haríamos con una planta destinada a la producción de flores), siempre podemos podar las raíces y replantarla con tierra nueva y rica en nutrientes. 

Los principales riesgos de podar raíces son varios. La planta se estresa y necesita varios días o incluso semanas en recuperarse y reanudar el crecimiento normal. Las heridas causadas en las raíces pueden infectarse y pudrirse, llegando en los peores casos a matar a la planta. Por último, no todas las plantas responden por igual a este tratamiento: algunas lo toleran sin mayores problemas, mientras que otras sufren mucho y pueden tardar bastante tiempo en recuperarse. 

Para hacer una poda de raíces a una planta madre correctamente conviene esperar a unos días después de haber cortado esquejes, cuando se ha recuperado del shock y tiene menos demanda de nutrientes. Hay que sacar la planta de la maceta con mucho cuidado y recortar una cantidad moderada de raíces, normalmente en torno a un tercio del volumen. Conviene replantar usando el mismo sustrato en que estaba creciendo para que no haya ningún cambio. Tras replantar podemos añadir un estimulador de raíces que facilite la recuperación y enzimas para favorecer la descomposición de los restos de raíces muertas. Los primeros días tras el trasplante es recomendable mantener la planta en un lugar tranquilo, sin mucho viento ni mucho sol, evitando las temperaturas muy altas o muy bajas.